Salil Kallianpur19 de agosto de 2021 5:58:09 PM IST
El lanzamiento de vacunas para combatir la propagación del nuevo coronavirus ha traído alivio al mundo entero. Sin embargo, la distribución desigual de la vacuna creó oportunidades para la aparición de nuevas variantes. Se debe desarrollar un programa sólido de vigilancia genómica en India y luego escalarlo hasta diciembre de 2021 para detectar y evaluar rápidamente nuevas variantes. Esto será fundamental para gestionar y mitigar las amenazas a la salud pública colectiva.
¿Qué es la vigilancia del genoma?
La vigilancia genómica permite a los investigadores examinar y comparar la secuencia del genoma de las cepas virales que infectan a la población. Esta caracterización es necesaria para anticipar y prevenir nuevas olas de COVID-19 y futuras epidemias / pandemias. Los laboratorios públicos puestos en marcha por el Consorcio indio de secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 (INSACOG) para este propósito no cuentan con la financiación adecuada. Estos laboratorios públicos tienen capacidad para procesar 30.000 muestras por mes.
Para alcanzar el objetivo de secuenciación del 5%, India debe procesar 75.000 muestras por mes, que es 2,5 veces la escala actual. Aumentar el esfuerzo a una magnitud de más de cinco veces agotará rápidamente la capacidad inactiva de los laboratorios públicos. Hacer que los laboratorios del sector privado formen parte del proceso de secuenciación del genoma podría ayudar a India a desarrollar una mejor respuesta a la inminente tercera ola, así como a futuras pandemias.
¿Cómo ayuda la secuenciación del genoma?
La secuenciación del genoma viral ayuda a los expertos en salud pública a rastrear la propagación y la trayectoria del virus mutado, llamado variantes, y a diseñar estrategias efectivas. La falta de caracterización de la variante afecta el diagnóstico y reduce nuestra capacidad para detener la infección y tratar a los pacientes correctamente.
Esto explica parcialmente las RT-PCR negativas en personas infectadas en la segunda ola. Las vacunas, el mecanismo de control más eficaz en la actualidad, también pueden tener una respuesta reducida a las variantes. Dado que los medicamentos y vacunas existentes reducen sus efectos beneficiosos sobre las cepas, aumentará la posibilidad de enfermedades más graves. Para ser eficaz, la vigilancia debe realizarse a escala mundial, ya que así es como se propaga la pandemia.
India se queda atrás
Una iniciativa de colaboración de código abierto llamada Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos de Influenza, o GISAID, ya recopila, comparte y analiza datos sobre todas las infecciones virales, incluido el COVID. A través de sus esfuerzos, GISAID se ha convertido en una fuente confiable para que los investigadores de todo el mundo rastreen la trayectoria del virus y ayuden a los gobiernos a crear las respuestas más adecuadas. Al 13 de julio, India había enviado 34.997 muestras para esta iniciativa. Esto equivale al 0,113 por ciento de la base de datos.
En India, donde menos del uno por ciento de la población está infectada, el muestreo del cinco por ciento de los casos positivos puede ayudar a identificar y rastrear nuevas mutaciones del virus. Con 45.000-50.000 casos nuevos, el muestreo del 5% requiere que se recolecten y analicen 2.500 muestras todos los días. Ahora tenemos un promedio de 450 a 500 muestras por día.
Por lo tanto, aumentar la velocidad y la escala de la secuenciación del genoma en la India es absolutamente esencial. Esto incluye identificar a las personas adecuadas, recolectar muestras de buena calidad (usando un hisopo nasal u oral), enviar las muestras a los laboratorios apropiados equipados para realizar la prueba y secuenciar el genoma viral. Finalmente, los resultados deben compartirse con INSACOG y GISAID, los organismos indios y mundiales que rastrean la mutación. Este proceso es exhaustivo pero necesario porque ayuda a rastrear y controlar la propagación del delta, o cualquier otra variante emergente que podría resultar en una tercera ola de la pandemia.
Para acelerar los resultados, debemos obtener muestras representativas de puntos críticos inusuales o áreas de brotes, especialmente con un enfoque en las personas que se reinfectan. También se necesitarán muestras de personas vacunadas infectadas para comprender completamente el grado de mutación en la variante. Para lograr escala, lo ideal sería invertir para aumentar las capacidades de los laboratorios públicos de secuenciación del genoma. Sin embargo, dado que la necesidad es inmediata y urgente, un enfoque más práctico sería utilizar la capacidad del sector privado en colaboración con el gobierno sindical. Sin embargo, una orden de la ICMR lo ha prohibido por el momento.
Incluido el sector privado, aprovecha la capacidad sin explotar al tiempo que requiere una inversión mínima en infraestructura y capital humano. Las cadenas de laboratorios privados dicen que cada laboratorio puede secuenciar entre 100 y 2000 muestras al día, dependiendo de su tamaño. Teniendo en cuenta que India tiene varias de estas empresas, grandes y pequeñas, esta será una adición de capacidad bienvenida. Suponiendo que el número diario de casos se mantenga constante, no será difícil secuenciar 2.500 muestras por día. En el caso de un aumento en los casos, los laboratorios privados pueden aumentar su capacidad actual de dos a tres veces con la financiación gubernamental adecuada. Dado que se trata de un puñado de empresas, administrar los contratos y ejecutar ese plan también parece relativamente sencillo.
Una agencia central nodal para garantizar que los datos se anonimicen y se almacenen de forma segura, aunque no es la mejor opción, podría trabajar de inmediato para resolver las inquietudes sobre el almacenamiento de datos, la privacidad y la seguridad. Puede ser necesario que ICMR o NCDC creen un protocolo estandarizado para procesar y almacenar muestras para asegurar la más alta calidad y estandarización de los datos.
Los controles regulares con jugadores privados pueden garantizar que se cumplan los objetivos y que los costos no aumenten. Una forma de hacerlo es concentrar la recolección de muestras en puntos críticos de infección, zonas de contención y centros de viaje. Esto asegurará que el objetivo sea la calidad de las muestras y no la cantidad.
Conclusión
Esta no es de ninguna manera una idea completa. El enfoque tendrá que ser multifacético. El gobierno tendrá que invertir en la expansión de los laboratorios públicos de INSACOG en paralelo con la apertura de más de ellos. Agregar esta capacidad puede parecer un proceso largo y tedioso, pero es absolutamente necesario para una respuesta coherente para evitar olas futuras u otras pandemias. Dada la urgencia en el plazo inmediato, involucrar a participantes privados parece ser una solución de retorno eficaz, eficiente, accesible y rápida.
La secuenciación del genoma es una técnica reciente y, por lo tanto, la atención debe centrarse en crear conciencia tanto para las personas como para los médicos. Los problemas culturales en torno a la privacidad y el intercambio de muestras del genoma pueden crear barreras para que esta práctica tan importante pero de nicho se convierta en dominante. Como podemos ver, es fundamental que los centros de secuenciación genómica se conviertan en una parte permanente de la política de preparación para una pandemia de la India.
El autor fue un ex vicepresidente ejecutivo de GlaxoSmithKline y participante en el programa de Certificado de Posgrado en Políticas Públicas (Salud y Ciencias de la Vida) en la Institución Takshashila.
